治疗子宫内膜异位症有根治性、半根治性、保守性三种治疗方法。根治性治疗是指将内生殖器（子宫和卵巢）切掉，这种方法使女性不能生育，也因为缺乏雌激素而容易衰老，所以很少被人采用。半根治性治疗是指只切子宫，不切卵巢。40岁以上生过孩子的女性，如果经痛逐年加重，吃药也没有什么功效，可以采取这种疗法。保守性治疗是目前采用比较多的疗法，主要用于年轻的、还有生育要求的患者。
保守性治疗可以分为药物治疗和保守性手术治疗两种，医生会根据患者的具体情况对症治疗。保守性药物治疗有两大类：对于病情较轻的患者可以用去痛片等药物来减轻疼痛；而如果是激素水平问题的话，可以在专科医生指导下服用激素药。保守性手术治疗可以选择去病灶治疗，保留生殖器官，也可以进行微创手术，如在B超下做腹腔镜或是B超介入治疗。
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